W 1933 roku, w Contemporary Arts Gallery odbyła się pierwsza indywidualna wystawa jego prac. W 1938 otrzymał obywatelstwo amerykańskie, a w dwa lata później uprościł nazwisko (Marcus Rothkowitz), od tej pory podpisując się wyłącznie jako Mark Rothko.
Choć cieszył się uznaniem innych artystów, pozostał w cieniu aż do lat 60. XX wieku, utrzymując się z lekcji malarstwa. Pierwsze zamówienie na dekorację ścienną otrzymał w 1958 w nowojorskim Seagram Building. W połowie lat 60. współpracował z architektem Philipem Johnsonem przy budowie kaplicy uniwersyteckiej katolickiej uczelni w Houston w Teksasie, w którym znalazło się 18 powiązanych ze sobą tematycznie jego dzieł. Świątynia stała się znana jako Kaplica Rothko.
Niemal w przededniu poświęcenia kaplicy, po długiej walce z depresją, Rothko popełnił samobójstwo podcinając żyły w zgięciach przedramion w swoim nowojorskim studio.