W latach 1852-1858 studiował w krakowskiej SSP u W.K. Stattlera i W. Łuszczkiewicza. Naukę kontynuował w Monachium w latach 1859-1860 u H. Anschütza oraz w Akademii w Wiedniu u C. Rubena (1860r.). Od 1873r. był dyrektorem SSP w Krakowie, a w 1887r. został docentem h.c. Uniwersytetu Jagiellońskiego. Otrzymał wiele nagród i wyróżnień m.in. złoty medal w Paryżu w 1865r. i złoty medal I klasy na Wystawie Światowej w Wiedniu w 1867r. i berło wręczone mu przez Władze Krakowa w 1878r. na znak panowania w sztuce. Odbył wiele podróży m.in. do Paryża, Wiednia, Turcji, Węgier i Włoch. Od połowy lat 50-tych tworzył głównie obrazy z dziejów ojczystych, poprzedzone wnikliwymi studiami historycznymi i zabytkoznawczymi. Jego obrazy to w większości ogromnych rozmiarów kompozycje o wielkiej sile wyrazu, które cechuje połączenie realistycznej obserwacji i dokumentalnej ścisłości szczegółów z przejaskrawioną gestykulacją i dynamicznymi układami kompozycyjnymi całości obrazu. Jego obrazy przesycone głębokim patriotyzmem, ukazały polskiemu społeczeństwu wizje przeszłości i odegrały dużą rolę w umocnieniu świadomości narodowej. Matejko wykonał jedno z największych dzieł polskiego malarstwa monumentalnego- polichromię w Kościele Mariackim w Krakowie oraz cykl rysunków "Poczet królów i książąt polskich". Obecnie jego dzieła znajdują się w zbiorach Muzeum Narodowego w Krakowie i Warszawie.