Urodził się w Sanoku. W latach 1947-1952 studiował na Wydziale Architektury Politechniki Krakowskiej. Przez kilka następnych lat pracował w zawodzie. Zainteresował się wówczas fotografią artystyczną, rozpoczął również pierwsze próby rysunkowe i malarskie. W 1955 r. powrócił do rodzinnego domu w Sanoku. Był artystą-samoukiem. Działalność artystyczną rozpoczynał od fotogramów i fotomontaży, później tworzył dzieła z pogranicza malarstwa i rzeźby, by następnie zając się głownie rysunkiem. Od połowy lat 70-tych Beksiński zajmuje się prawie wyłącznie malarstwem olejnym, używając specyficznej sobie techniki. Po latach ten okres (do początku lat 80-tych) nazwie ,,okresem fantastycznym". W 1977 r. opuszcza Sanok i przenosi się na stałe do Warszawy. Nawiązuje kontakt z paryskim marchandem Piotrem Dmochowskim. Wystawiał we Francji, Niemczech i niemal wszystkich ważnych ośrodkach w Polsce. W 1999 r. Muzeum Historyczne przygotowało na zamku w Sanoku największą retrospektywną wystawę artysty. Muzeum Historyczne w Sanoku posiada również najbogatszą kolekcję dzieł artysty.
W kolażach, które tworzył przed śmiercią, wykorzystywał chętnie techniki komputerowe.
Zmarł tragicznie 22 lutego 2005 roku.