Karierę fotograficzną rozpoczął na początku lat 60. jako fotoreporter monachijskich gazet Münchner Illustrierte i Kristall. Jego relacje fotograficzne z całego świata zapewniły mu pozycję, uznanie i sławę, które trwają do dziś. W 1963 roku został fotografem renomowanego magazynu Stern, a od 1976 roku pracował jako korespondent Sterna w Nowym Jorku. W latach 1987-89 pracował jako dyrektor artystyczny Sterna w Hamburgu. W 1989 roku został członkiem agencji Magnum, a w latach 2003-06 był jej prezesem. Obecnie Hoepker mieszka w Nowym Jorku, gdzie wraz z żoną, Christine Kruchen, fotografuje i produkuje filmy dokumentalne dla telewizji.