Jan Baptysta Weenix uczył się u Abrahama Bloemaerta w Utrechcie, a następnie przez dwa lata w Amsterdamie u Claesa Cornelisz.’a Moeyaerta. W 1642 roku opuścił Niderlandy, by udać się do Włoch, gdzie spędził cztery lata. Został tam członkiem Schildersbent, stowarzyszenia założonego przez holenderskich artystów. Ze względu na wadę wymowy obrał pseudonim "grzechotka". Jeszcze przed 1647 rokiem zaczął się podpisywać jako "Gio[vanni] Batt[ist]a Weenix", co było związane nie tylko z uprawianiem italianizującej formuły sztuki, lecz także ze służbą kardynałowi Giovanniemu Battiście Pamphilj. Włochy były dla Weenixa ważne jako upragnione przez człowieka Północy miejsce inspiracji - była jej źródłem przede wszystkim tutejsza architektura z licznymi ruinami, które wielokrotnie "zapisywał rysunkowo". Był to jednak też kraj, gdzie działali wybitni artyści - spośród nich największy wpływ na przybysza miał wywrzeć Viviano Codazzi. Resztę życia artysta spędził w swojej ojczyźnie.
Jan Baptysta Weenix tworzył nie tylko obrazy z widokami architektury. W jego oeuvre znajdują się prace w różnych mediach. Był również pejzażystą, tworzył obrazy trompe l’oeil i portrety. W widokach architektonicznych zdarzało mu się wykorzystywać również istniejące budynki (czy może raczej ruiny), jak np. resztki świątyni Jupitera ze Wzgórza Kapitolińskiego ("Towarzystwo myśliwych nieopodal ruin", 1648, kolekcja prywatna S.A. Millikin, Cleveland, Ohio). Pojawiają się na jego obrazach również rzeźby z podręczników historii sztuki, jak np. Waza Medycejska czy Dioskurowie ze Wzgórza Kapitolińskiego - umieszczeni w imaginacyjnej scenie portowej (1649, Centraal Museum, Utrecht).