Wit Stwosz, autor widocznego w głębi nawy, umieszczonego w późniejszym, barokowym ołtarzu późnogotyckiego krucyfiksu, wykonał rzeźbę przed 1496 rokiem (data powrotu artysty do Norymbergii). Wyrzeźbiona z wapienia pińczowskiego postać cierpiącego, wyprężonego w nadludzkim cierpieniu Chrystusa, o ostrej, wyrazistej anatomii i pełnej zmęczenia i bólu twarzy, stanowi jednocześnie symbol triumfu Boga-Człowieka nad złem i śmiercią. Realizm przedstawienia pogłębia ukazanie silnego wiatru, co widać w rozwichrzonym perizonium. Subtelnie oświetlone blaskiem świec, wyłaniające się z półmroku wnętrze krakowskiej świątyni tchnie zapachem kadzidła i modlitewną zadumą. Podejmując temat gotyckich krucyfiksów Krakowa, kultu narodowych i religijnych pamiątek, zarówno w malarstwie, jak i w grafice, Józef Pieniążek kontynuuje tradycję odziedziczoną po romantykach i Matejce, ale przede wszystkim po swoim nauczycielu - Leonie Wyczółkowskim. Mistrz i przyjaciel artysty szczególnym przywiązaniem darzył miejsca i przedmioty narodowego kultu sięgające swą historią wieków średnich - wnętrza krakowskich bazylik, trumnę Świętego Stanisława oraz Krucyfiks Królowej Jadwigi z katedry wawelskiej. Ten ostatni uczynił ulubionym obiektem licznych malarskich, rysunkowych i graficznych studiów.