Artysta uprawia głównie malarstwo i rysunek. Początkowo malował sceny rodzajowe inspirowane życiem wsi i naturą. Od lat 80. XX wieku w jego twórczości dominuje pejzaż (głównie rzeka Bug) oraz malarstwo portretowe. Obrazy posiadają symboliczne znaczenie; dotyczy to zwłaszcza licznych portretów matki artysty oraz przedstawień dzikiej rzeki. Malowane są one wprost z natury, lecz efekt końcowy może być kompozycją zarówno realistyczną, jak i abstrakcyjną.

W swoich pejzażach Baj sięga aż do eksperymentów impresjonistycznych Józefa Pankiewicza, operując przede wszystkim plamą barwną oraz światłem. O twórczości Stanisława Baja wypowiada się wielu znanych historyków sztuki, zaś jego malarstwo jest znane w kraju i za granicą. Jednak osobę twórcy znają tylko najbliżsi.