Syn malarza Władysława. Początkowo uczył się w warszawskiej Klasie Rysunkowej i w prywatnej pracowni Wojciecha Gersona, a następnie w Akademii Sztuk Pięknych w Petersburgu (1876-1881). Ukończył studia otrzymując wielki złoty medal i tytuł "kłassnyj chudożnik" I stopnia oraz stypendium zagraniczne. Wyjechał wtedy do Rzymu, gdzie osiedlił się. Utrzymywał jednak kontakty z Akademią w Petersburgu, wysyłał jej obrazy na wystawy i w 1886 roku otrzymał tytuł jej akademika w zakresie malarstwa historycznego. Jego twórczość cieszyła się w Rosji dużą popularnością, obrazy Bakałowicza znajdowały wielu nabywców. Artysta malował niewielkich rozmiarów sceny rodzajowe ze świata starożytnego, odznaczające się drobiazgowym rysunkiem oraz żywą kolorystyką. W późniejszym okresie twórczości zaczął malować również pejzaże. Po odbytej w roku 1902 podróży do Egiptu wprowadził do swego malarstwa tematykę orientalną i pejzaż afrykański. Bakałowicz był również uznanym portrecistą, zajmował się także grafiką.