Uczył się u Wojciecha Gersona, a następnie w Krakowie w ASP (1896-1903) u Jacka Malczewskiego, Józefa Mehoffera, Leona Wyczółkowskiego. Wiele w zakresie wykształcenia artystycznego zawdzięczał starszemu bratu Józefowi. W Monachium studiował przez rok u L. Hertericha, a następnie w Paryżu w Academie Julian, i znów w Krakowie u Jana Stanisławskiego. Podróżował po Włoszech, zwiedził Wenecję, Florencję, Padwę i Weronę. Od 1907 do wojny mieszkał w kraju i odbywał piesze wędrówki po różnych okolicach Polski, które utrwalał w swoich pejzażach. W 1914-18 przebywał w Holandii. Tam malował pejzaże, które pokazywał na wystawach indywidualnych w Amsterdamie, Hadze i Rotterdamie. Po powrocie został członkiem Towarzystwa "Sztuka". Nadal wiele wędrował malując krajobrazy. Od 1950 roku był profesorem Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie. Malował głównie pejzaże, a także obrazy rodzajowe.
We wczesnych pracach artysty widać analogie ze szkołą pejzażu Stanisławskiego (np. podobne ujęcia nieba, chmur). Na ogół jednak trzymał się własnej maniery. Malował pejzaże oraz sceny z życia wsi i małych miasteczek (targi, odpusty, szabasy). Artysta umiejętnie operował plamą barwną, uzyskując harmonijne zestawienia kolorystyczne, zawsze bardzo spokojnie, o przewadze szarości. Najbardziej odpowiadały temperamentowi artysty melancholijne pejzaże jesienne. Czasem stosował barwy żywsze, zmierzając do większej dekoracyjności obrazu, a nieraz zbliżając się do impresjonistów. Obrazy Czajkowskiego znajdują się w muzeach w Warszawie, Krakowie, Wrocławiu, Toruniu, Bydgoszczy.
Na pierwszym planie kapliczka z dwoma świętymi, dalej łąka z nad której zrywają się do lotu jaskółki, w głębi zaś rzeka, po której płyną dwie tratwy.