Akwarele Meli Muter są równie ważną częścią jej twórczości jak malarstwo olejne. Często wypowiadała się w tej trudnej technice i była jednym z najlepszych polskich akwarelistów. Akwarelą malowała przede wszystkim pejzaże, czasem sceny rodzajowe i martwe natury. Biała kartka papieru dawała jej możliwości przestrzennych rozwiązań. Biel podłoża stanowiła - kolor podstawowy- każdej pracy, na którym oszczędnie stawiała barwne plamy, sugerujące raczej, niż oddawane detalicznie elementy krajobrazu, architektury czy przedmiotu. Często łączyła akwarelę z tuszem, którym (posługując się piórem lub patykiem) rysowała kontur danego elementu kompozycyjnego. Zarówno tuszem jak i akwarelą posługiwała się oszczędnie, pewnie i - kategorycznie ; dokonywała syntetyzacji malarskiego kadru.