Akwarele Meli Muter są równie ważną częścią jej twórczości jak malarstwo olejne. Często wypowiadała się w tej trudnej technice i była jednym z najlepszych polskich akwarelistów. Akwarelą malowała przede wszystkim pejzaże, czasem sceny rodzajowe i martwe natury. Bardzo rzadko wykorzystywała tę technikę do malowania portretów. Biała kartka papieru dawała jej możliwości przestrzennych rozwiązań. Biel podłoża stanowiła ? kolor podstawowy ? każdej pracy, na którym oszczędnie stawiała barwne plamy, sugerujące raczej, niż oddawane detalicznie elementy krajobrazu, architektury czy przedmiotu.