Powstanie na dawnych terenach podmiejskiej willi Czartoryskich ogrodu botanicznego Akademii Krakowskiej w 1783 roku wiąże się z oświeceniową reformą kołłątajowską. Barokowy ogród o regularnym układzie kwater projektu wiedeńczyka Franciszka Kajzera mieścił kolekcję roślin leczniczych i ozdobnych oraz szklarnie wzniesione z funduszy prymasa Polski, bpa Michała Poniatowskiego. Do XVIII w. przez tereny dzisiejszego ogrodu płynął Prądnik, którego pozostałością jest dziś sadzawka. Budynek działającego pod kierunkiem Jana Śniadeckiego Obserwatorium Astronomicznego przebudowano w latach 1788-1792 według projektu Feliksa Radwańskiego (ojca) i Stanisława Zawadzkiego.