Akwarele Meli Muter są równie ważną (choć często bagatelizowaną) częścią jej twórczości jak malarstwo olejne. Często wypowiadała się w tej trudnej technice i była jednym z najlepszych polskich akwarelistów, kontynuując wspaniałe tradycje polskich akwarelistów, by wspomnieć tu chociażby Juliana Fałata. Akwarelą malowała przede wszystkim pejzaże, czasem sceny rodzajowe i martwe natury. Bardzo rzadko wykorzystywała tę technikę do malowania portretów. Biała kartka papieru dawała jej możliwości przestrzennych rozwiązań. Biel podłoża stanowiła Ť kolor podstawowy ą każdej pracy, na którym oszczędnie stawiała barwne plamy, sugerujące raczej, niż oddawane detalicznie elementy krajobrazu, architektury czy przedmiotu. Często łączyła akwarelę z tuszem, którym (posługując się piórem lub patykiem) rysowała kontur danego elementu kompozycyjnego. Zarówno tuszem jak i akwarelą posługiwała się oszczędnie, pewnie i Ť kategorycznie Ť ; dokonywała syntetyzacji malarskiego kadru.