Malarz - pejzażysta. W latach 1896-1902 studiował w krakowskiej akademii u Jacka Malczewskiego, Leona Wyczółkowskiego i Józefa Mehoffera. Nad artystycznym rozwojem Stanisława czuwał ponadto jego starszy brat, Józef Czajkowski. Naukę artysta kontynuował w akademii monachijskiej u L. Hertericha (1898) oraz w paryskiej Académie Julian u J. P. Laurensa i B. Constanta (1904-1906). Po powrocie do Krakowa uzupełnił studia w macierzystej uczelni kształcąc się w pracowni Jana Stanisławskiego. W 1950 roku został mianowany profesorem malarstwa i rysunku warszawskiej ASP. W roku 1949 uhonorowano Czajkowskiego orderem Odrodzenia Polski.