We wczesnych pracach artysty widać analogie ze szkołą pejzażu Stanisławskiego (np. podobne ujęcia nieba, chmur). Na ogół jednak trzymał się własnej maniery. Malował pejzaże oraz sceny z życia wsi i małych miasteczek (targi, odpusty, szabasy). Artysta umiejętnie operował plamą barwną, uzyskując ,harmonijne zestawienia kolorystyczne, zawsze bardzo spokojnie, o przewadze szarości. Najbardziej odpowiadały temperamentowi artysty melancholijne pejzaże jesienne. Czasami stosował barwy żywsze, zmierzając do większej dekoracyjności obrazu, a nieraz zbliżając się do maniery impresjonistów. Obrazy Czajkowskiego znajdują się w muzeach w Warszawie, Krakowie, Wrocławiu, Toruniu, Bydgoszczy.