Uczeń Tadeusza Pruszkowskiego w Szkole Sztuk Pięknych, Wojciecha Weissa w krakowskiej ASP i - ponownie w Warszawie - Felicjana Szczęsnego Kowarskiego, z którym związał się na dłużej zostając w 1937 r. asystentem w jego pracowni. Współtworzył wraz z nim grupę Pryzmat, z którą wiele wystawiał. Cały przedwojenny dorobek stracił w Powstaniu. Po wojnie - pedagog w Toruniu i Sopocie, a od połowy lat 50-tych w Warszawie.
"Twórczość Jana Wodyńskiego mocno wpisana jest w krąg polskiego koloryzmu. […]. Elementy ekspresji w sztuce Wodyńskiego występują wyraźnie pod koniec lat sześćdziesiątych: artysta podkreśla je duktem pędzla tworząc wręcz poszarpane formy, secesyjne linie i mięsistą fakturę. Ekspresji służą też barwy o wyrafinowanych zestawieniach rożnych tonacji. Jest to nieustanna próba koloru […]. Kolor, synteza form, precyzyjne operowanie płaszczyznami, dyscyplina kompozycji, a także przekaz impresyjnych doznań [stawiają go] w rzędzie wybitnych polskich malarzy współczesnych"
(Anna Prugar-Myślik).