Uczył się malarstwa w Szkole Rysunkowej w Warszawie u Wojciecha Gersona, a następnie w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie pod kierunkiem Teodora Axentowicza i Leona Wyczółkowskiego. W 1898 roku wyjechał do Paryża, gdzie uzupełniał studia w Académie Julian, po czym kształcił się w Monachium i Rzymie. W 1916 roku organizował wystawę sztuki polskiej w Moskwie, mieszkał na Krymie. Był członkiem Towarzystwa Artystów "Sztuka" i Związku Zawodowego Polskich Artystów Plastyków. Miał wiele wystaw indywidualnych, m.in. w brazylijskiej Kurytybie 1925. Twórczość Ignacego Pieńkowskiego wykazuje silne związki z francuską sztuką postimpresjonistyczną.