Zefiryn Ćwikliński ukończył Gimnazjum we Lwowie. Następnie przez rok był słuchaczem Wydziału Filozofii na Uniwersytecie Jana Kazimierza. W latach 1887-1889 studiował w krakowskiej Szkole Sztuk Pięknych, najprawdopodobniej u Floriana Cynka i Władysława Łuszczkiewicza. Wymieniany jest również jako uczeń Feliksa Szynalewskiego i Izydora Jabłońskiego. W 1893 roku po otrzymaniu stypendium studiował w Akademii Wiedeńskiej, u malarza historycznego i portrecisty Ch. Griepenklerla. Po powrocie do kraju był nauczycielem rysunku w Brodach i Jarosławiu. W 1898 roku wyjechał na półtora roku do Włoch i Dalmacji. W roku 1908 osiadł w Zakopanem. Tworzył dzieła o treści symbolicznej pod silnym wpływem Władysława Podkowińskiego. Wystawiał w krakowskim Towarzystwie Przyjaciół Sztuk Pięknych (1892, 1893,1894), a także we Lwowie. Zamieszczał ilustracje w lwowskim dwutygodniku "Faun". Od około 1897 roku zaczął interesować się pejzażem. Po powrocie z Dalmacji rozpoczął systematyczne studia przyrody, wyjeżdżając w okresach letnich w okolice Lwowa. Od czasu osiedlenia się w Zakopanem stał się malarzem Tatr.