Prawdziwy "uomo universale" sztuk wizualnych: architekt, malarz, rysownik, rzeźbiarz, fotograf, grafik komputerowy. Jego dokonania były efektem bezustannego eksperymentowania i poszukiwania właściwej ścieżki gwarantującej możliwość wyrażania przeżywanych emocji.
W trakcie studiów uprawiał początkowo fotografię artystyczną. Następną formą wyrazu była rzeźba, lecz i z niej po pewnym czasie zrezygnował, po to by móc przejść do rysunku. Lata 60. to zerwanie z awangardą i odejście od abstrakcji, czemu dał dobitny dowód, oddając się w pełni malarstwu figuratywnemu, fantastycznemu, wizjonerskiemu. Mroczne sceny i pejzaże z pogranicza snu i ludzkiej podświadomości, nacechowane są grą symboli i tajemniczych treści o wydźwięku katastroficznym, pełnym grozy. Wówczas stał się jednym z najbardziej znanych polskich artystów. Lata 80. to rozgłos na Zachodzie i w Japonii. W twórczości z lat 90. Beksiński coraz bardziej oddalał się od tajemniczych treści, którymi były przepełnione jego obrazy z okresu "fantastycznego", zwanym także jako "barokowy". Odtąd poświęca się pracy nad formą, a okres ten nazywa "gotyckim". Cechą znamionującą jego dzieła jest nie tylko przerażający wizyjny krajobraz, lecz zdeformowane sylwetki postaci ludzkich i zwierzęcych. Autor swoim obrazom nie nadawał tytułów, pozostawiając dowolność interpretacyjną. W ostatnich latach życia interesował się grafiką komputerową. Najpierw przetwarzał cyfrowo fotografię, potem rysunki. Jego twórczość w PRL-u nie mogła liczyć na przychylność władz i można ją było oglądać tylko na specjalnych pokazach.