Urodził się 9 stycznia 1876 roku w Kwidzynie, w dawnych Prusach Zachodnich. Około 1883 roku przeniósł się wraz z rodziną w pobliże Stargardu Szczecińskiego na Pomorzu. Tam spędził swoją młodość i uczył się w miejscowym gimnazjum. Gdy ukończył 19 lat wyjechał do Berlina, gdzie podjął naukę malarstwa. W latach 1895-1899 studiował malarstwo i rysunek na Akademii Sztuk Pięknych w Berlinie.

Później przystąpił do nauki w atelier malarza pejzażysty Eugena Brachta, który w 1901 roku przeniósł się z Berlina do Akademii Sztuk Pięknych w Dreźnie. Młody Kolbe pojechał wraz z nim. W tamtym czasie ruch impresjonistów w Dreźnie zrzeszony od 1902 roku w stowarzyszeniu Die Elbier, do którego między innymi należeli Gotthard Kuehl, Fritz Beckert, Ferdinand Dorsch, Arthur Bendrat, Georg Mueller-Breslau oraz August Wilckens, był w swojej szczytowej formie. Młody Kolbe, zafascynowany ich pracami, również zaczął tworzyć w tym duchu.

Po ukończeniu studiów w 1906 roku powrócił do Berlina, gdzie osiadł w dzielnicy Steglitz i tam tworzył.

Lata 1920 – 1939 należały do najproduktywniejszych i pełnych sukcesów w życiu Kolbego. W tym okresie twórczości powstały liczne obrazy, które zalicza się do jego najlepszych prac.

Rozwój artysty w kierunku coraz bardziej ekspresyjnego stylu malarskiego został przerwany w 1933 roku z powodu przejęcia władzy przez narodowych socjalistów i ich „politykę kulturalną”, która style nowatorskie, takie jak,: ekspresjonizm, kubizm czy surrealizm uważała za sztukę zdegenerowaną.

Ernst Kolbe w trakcie swojej artystycznej aktywności podejmował liczne podróże studyjne.

Wiadomo, że podróżował między innymi do takich miast, jak Lubeka w Szlezwiku - Holsztynie, Gdańsk na Pomorzu, Drezno w Saksonii, Kronach w Bawarii. Malował w plenerze również na wyspie Sylt w Szlezwiku – Holsztynie, odwiedzał często Pomorze i Prusy Zachodnie. Bywał w Tyrolu, Bawarii i na Śląsku. Najczęściej jednak wracał nad Bałtyk.

W marcu 1943 roku wskutek bombardowania mieszkanie artysty zostało poważnie uszkodzone. Z tego powodu przeniósł się z Berlina najpierw do Bytowa na Pomorzu, a później, przypuszczalnie na początku 1945 roku, do Rathenow w Brandenburgii.

Ernst Kolbe zmarł 18 lipca 1945 roku w obecności swojej córki Sigrid Winter. Został pochowany na ewangelickim cmentarzu w Rathenow. Grób artysty nie przetrwał do czasów współczesnych.